合同纠纷和民间借贷在法律上有一些重要的区别，主要体现在以下几个方面：
借款合同的一方可以是金融机构，而民间借贷的主体通常是法人、自然人或其他组织，不包括金融机构。这一点是两者之间最显著的区别。
借款合同一般在签订后立即生效，后续的问题主要是合同履行的问题，如果无法履行，则追究违约责任。而民间借贷则强调借款的实际交付，如果没有实际交付，则认为没有借贷事实。
借款合同通常仅凭合同约定就能认定借款数额，而民间借贷则以实际交付的金额为准。
在合同纠纷中，强调合同当事人的意思自治，即在不违反国家禁止性规定的前提下，允许当事人自由约定。而在民间借贷案件中，则限制当事人的意思自治，例如约定的利息不允许超过同期银行贷款利率的四倍，超过部分将不予支持。
合同纠纷和民间借贷的处理方式也有所不同。合同纠纷可以通过协商、调解或仲裁的方式来解决，而民间借贷的处理方式则更多地依赖于法律的规定，如通过法院诉讼来解决。
综上所述，虽然借款合同和民间借贷都涉及借贷行为，但在主体、借款交付、借款数额的认定、意思自治的限制以及处理方式等方面存在显著差异。这些区别在法律实践中非常重要，直接影响到借贷双方的权利义务以及纠纷的解决方式。